Nemanja Nikolić počeo je da trenira fudbal 1997. godine u FK Budućnost iz Valjeva. Sve do 2003. godine, nasupao je za petliće i pionire ovog kluba, kada je usledio poziv Crvene zvezde i kada priključen našim kadetima. Odgirao je za kadete dve sezone, kao i jednu za Omladince.
Nikolić je nakon toga, poslat u Zlatibor Vodu na jednogodišnju pozajmicu, gde je igrao Srpsku ligu.
Posle godinu dana provedenih u Subotici, dobio je poziv iz Crne Gore, tačnije od prvoligaša Grblja. Odigrao je čitavu sezonu na visokom nivou, kada je njegov tim završio na odličnom četvrtom mestu.
Nemanja je posle odličnih partija u dresu Grblja, dobio poziv od Mlade reprezentacije Crne Gore, za koju je zabeležio dva nastupa, jedan u zvaničnoj i jedan u prijateljskoj utakmici.